Решение как всегда элементарно! Заходим в директорию игры ( Правой кнопкой мыши по ярлыку - Расположение файла). У меня это D:\Steam\SteamApps\common\The Binding of Isaac Rebirth
Далее идем в папку resources и удаляем все подозрительные файлы ( т.е. все за исключением папки packed).
Вероятнее всего, вы удалили файлы формата xml. Запускаем игру, выбираем персонажа и вуаля! Игра больше не должна вылетать.